Isso é normal. Os clientes APT tentam obter pacotes de tradução para o repositório. É o comportamento normal. Você pode, ignorar a mensagem, desabilitar o relatório de mensagens (infelizmente reprepo não permite isso) ou configurar seus clientes para não solicitar os pacotes de idiomas com Acquire::Languages "none";
line no seu arquivo apt.conf
. Não há um método para gerar os arquivos, por enquanto você tem que viver com isso.