A única explicação que vem à mente é que você tem coisas escondidas atrás de um ponto de montagem, fora do alcance de du
.
No Linux, você pode montar um bind do sistema de arquivos raiz para poder ver tudo em um ponto de montagem diferente. Em seguida, observe mais de perto as coisas que estão escondidas pelos pontos de montagem na vista original.
mkdir /root/root-rebound
mount -o bind / /root/root-rebound
du -sc $(df -P | awk 'NR>2 {print "/root/root-rebound" $6}')