Você pode usar a mesma abordagem de replace-regex para remover como o caso de acréscimo, apenas prefixar o metacaractere de regex de final de linha com um metacaractere de qualquer caractere:
M-< M-x replace-regex RET .$ RET RET
Para substituir vários carateres, pode, de forma pedestre, começar a pré-adicionar .?
(um opcional em qualquer caracter) ao seu regex:
M-< M-x replace-regex RET .?.$ RET RET
ou, mais elegantemente, você pode usar na notação interval-style para indicar até n
any-chars antes do fim-de-linha, no exemplo a seguir, n = 2:
M-< M-x replace-regex RET \{,2\}$ RET RET
Há mais sobre a sintaxe do regex em RegularExpression no EmacsWiki