Eu acho que você está no caminho certo. Se eu estivesse em sua posição, é assim que eu lidaria com isso:
Faça uma nova instalação do Linux Mint 13, agora que está fora. Espero que ele possa gerenciar o reparticionamento de seu disco e diminuir sua partição NTFS existente de forma não destrutiva, mas geralmente é muito mais seguro e fácil de instalar em um disco limpo.
Aprenda a usar o aptitude, deve permitir que você reinstale todos os seus aplicativos rapidamente. Se não foi instalado via apt-get, então provavelmente está em / usr / local / ou / opt /
Instale o VirtualBox no LM13 para que você possa executar sua instalação antiga do LM12. Em seguida, use o rsync para migrar seus arquivos e diretórios. Se você não tiver instalado muitos serviços, provavelmente não há muito que você precise fazer além do diretório inicial.
Claro, isso pode parecer um pouco confuso, mas eu carreguei meu mesmo diretório / home por 10 anos através de pelo menos 3 distros de Linux. A migração de dados é realmente muito fácil, não há configurações de usuário enterradas em algum registro ou em algum outro lugar no sistema de arquivos. Pode ser um pouco mais trabalhos migrando serviços, mas mesmo assim os arquivos a serem migrados seriam limitados aos diretórios / etc e / var.