/etc/ld.so.conf influencia apenas o vinculador dinâmico, ou seja, onde as bibliotecas são procuradas em tempo de execução. Quando você constrói um executável, o que importa são os caminhos em que ld procura a biblioteca. A maneira usual de especificar isso é passar a opção -L ; a maioria dos scripts configure tem uma maneira de passar opções -L adicionais. Geralmente, não há como alterar o caminho de pesquisa padrão para ld . Você pode procurar alterar o arquivo de especificação do gcc, mas isso envolverá a alteração de um arquivo em /usr , não sob /etc .
Devido a sua configuração um pouco difícil, convém examinar uma consolidação do sindicato de /mnt above /usr . Eu não sei quais possibilidades de montagem de união o CentOS oferece se houver (claro, existem opções de terceiros, nativas ou baseadas no FUSE).