Você não pode tornar o arquivo de entrada igual ao arquivo de saída. Na melhor das hipóteses, qpdf
vai reclamar e não fazer nada. Na pior das hipóteses, truncará o arquivo de saída para zero bytes e depois reclamará que o arquivo de entrada está vazio. Então use isso:
find . -name "*.pdf" -ok qpdf --password=passMe --decrypt '{}' '{}'.decoded.pdf \;
Você pode voltar e remover os dups assim que souber que qpdf
não lixou seus arquivos de alguma forma inesperada.