Você pode usar o CLI de jpdftweak para extrair marcadores no formato CSV:
java -jar -Xmx512M jpdftweak.jar "file.pdf" -savebookmarks "bmarks.csv" /dev/null
Após validar e possivelmente modificar os dados do marcador, você pode carregá-lo de volta no arquivo PDF com o seguinte comando:
java -jar -Xmx512M jpdftweak.jar "file.pdf" -loadbookmarks "bmarks.csv" "file_updated.pdf"
O parâmetro -Xmx512M
Java é opcional, mas pode ajudar no processamento de arquivos PDF maiores que exigem mais memória.
Você pode querer ler as perguntas e respostas relacionadas bem.