A resposta curta é:
aptitude remove '~sX11 ! ~Rbeaglebone'
No entanto, neste tipo de situação (há um lote de coisas que dependem do X11!), eu recomendo usar o resolvedor interativo. Para fazer isso, adicione a opção --schedule-only
ao acima e execute aptitude
novamente sem argumentos. Você também pode ter que adicionar -o Aptitude::Auto-Fix-Broken=false
a um ou ambos os comandos (se ainda não estiver nas suas configurações), mas não o faço. Acho que você precisa, tanto quanto eu posso ver a resolução automática só acontece quando você pressiona g na interface.
Uma vez que você tenha a interface ncurses em execução, pressione e para examinar a primeira solução e examinar as remoções adicionais. Se você vir algum que não queira, use as teclas de seta para selecioná-lo e pressione r para rejeitar a ação. Pressione . para carregar a próxima solução, ela deve agora fornecer uma solução que não inclua nenhuma de suas rejeições. Repita conforme necessário e pressione ! para aceitar a solução e continuar normalmente.