Eu tive o mesmo problema no natty com o Unity não inicializando, mas depois que eu tomei a iniciativa e instalei os drivers fglrx da ATI, o problema desapareceu completamente. Não tenho certeza se isso iria ajudá-lo com o gnome 3, mas pode valer a pena tentar
Eu fiz isso usando o terminal com o
sudo apt-get instala o fglrx
Por alguma razão eu não entendo que consertou meus problemas de login e eu estava tendo exatamente o mesmo problema que você, ou seja, eu teria que logar novamente para obter um desktop que estava (como você está achando) um pouco chato.
Eu preferiria ficar com os drivers de código-fonte aberto e não fazer qualquer coisa em 3d para falar, mas como essa correção funcionou para mim eu fiquei com ela.
Deixe-nos saber como você se sai.