Meus scripts do Imagemagick, multicrop ou multicrop2, funcionarão na sua imagem para separá-los em três novas imagens. Opcionalmente, você pode desatribuí-los. Eles são scripts de shell bash do Unix e requerem um ambiente semelhante ao Unix. Veja meu site no link
Você não menciona qual SO está usando e se o Imagemagick está instalado e qual versão pode ser.