A única diferença entre usar COPY e RUN são as permissões no arquivo /etc/crontab : com COPY , isso é 664 e com RUN 644.
Não consigo encontrar nada nas permissões que o /etc/crontab precisa ter, mas se você adicionar
RUN chmod 644 /etc/crontab
após a linha COPY no seu Dockerfile , o cronjobs é executado (pelo menos para mim).
Então eu acho que as permissões devem ser 644