Você quase deu a resposta sozinho.
xrandr -s N
muda para o metamodo N, então você pode usar xrandr -s 0
e xrandr -s 1
para ligar e desligar o segundo monitor. Funciona bem no meu pc.
EDIT: Encontrou um problema: Eu tenho os dois painéis na parte inferior. Depois de swiching o Metamode, eles compartilham a mesma altura (somente um é visível, alterna aleatoriamente ao passar o mouse). Eu tenho que definir um para cima e de volta para baixo para o outro ser exibido acima dele.
EDIT: Solução encontrada: Use gconftool-2 --dump /apps/panel
para obter as configurações atuais, mover o painel, obter as configurações alteradas e descobrir o que mudou com diff
.
Usando essa informação eu criei dois arquivos, um para o painel no topo, um na parte inferior. Agora eu posso script de alteração do metamodo e movendo o painel.