make distribution apenas instala novos arquivos de configuração, enquanto mergemaster interage sobre todos os arquivos de configuração e pergunta quais você deseja (e atualiza de forma inteligente os arquivos que você nunca editou, se possível). Ele ainda oferece a opção de mesclá-los conforme necessário. Basicamente, ele automatiza o processo de instalação de arquivos de configuração atualizados, fazendo todos os diffs automaticamente e dando a você uma maneira mais agradável de mesclar as árvores de configuração antigas e novas.
Se você está curioso para saber como funciona, mergemaster é apenas um script de shell .