Pelo que entendi, você está olhando para criar um espelho (ou perto o suficiente para um) do seu disco rígido do sistema, de modo a utilizar o espelho no caso de, digamos, uma falha de disco.
Para mim, isso parece um caso para o RAID 1. Isso pode ser feito com o BTRFS ou o MDADM. Em qualquer caso, ao conectar o drive externo ao sistema, você precisará garantir que ele seja visto como "escravo". Já que gravações mais recentes provavelmente teriam ocorrido no sistema, esse deveria ser o caso. No btrfs, é possível executar uma operação de limpeza (btrfs-scrub).
Se você quiser usar btrfs-send e btrfs-receive, consulte link
Com relação aos instantâneos, os instantâneos não podem ser feitos nos sistemas de arquivos. Portanto, uma captura instantânea deve ser criada no mesmo sistema de arquivos que o subvolume btrfs para o qual a captura instantânea deve ser feita. É aí que o envio / recebimento entra em jogo, conforme descrito na referência mencionada anteriormente.
Como alternativa, você pode usar o fssync, embora seja concedido ssh'ing no host local. O fssync é relatado a partir da página man para funcionar bem com o btrfs.
Se você tiver outro sistema, considere a possibilidade de usar o DRBD no modo primário único. Embora você possa conseguir que isso funcione com as duas unidades em um único sistema, vi relatórios que indicam que isso não funciona.
Observe que o RAID, a sincronização e a replicação são considerados por muitos como não um substituto adequado para um sistema de backup.