Isso parece ter se resolvido agora. Eu não fiz nenhuma alteração e estava reiniciando a máquina regularmente, então deve ter havido alguma atualização ou apenas "mágica". :)
Eu tenho um problema estranho com os Application Indicators in Unity. Por exemplo, o indicador do Google Chrome aparece apenas no monitor (primário) esquerdo e clicar nele com o RMB / LMB funciona conforme o esperado. No entanto, o Synapse, o Dropbox e o Feedindicator não respondem a nenhum clique, e aparecem em ambos os displays. Eles podem ser usados via monitor direito (secundário), mas isso é muito chato.
Defini a lista branca de systray como ['all'] desde que eu usei o CBA na whitelist no aplicativo e foi quando o problema começou (tenho certeza de que consegui clicar no Dropbox nos dois monitores, mas novamente quando não estava na lista de permissões, acho que estava usando o novo sistema em vez de um Indicador de Applet).
Isso parece ter se resolvido agora. Eu não fiz nenhuma alteração e estava reiniciando a máquina regularmente, então deve ter havido alguma atualização ou apenas "mágica". :)