Execute ( como raiz ) apt-get remove --auto-remove libgtk-3-common
e remova gnome-shell
também, que é uma grande parte do que é chamado de GNOME 3. E sim, é possível ter ambos em sua caixa, removendo a necessidade de limpar o material. Espero que você possa até especificar qual sessão (GNOME 2 ou 3) será executada na inicialização, mas essa é uma questão separada. Apenas garanta que você ainda tenha gnome-session
instalado. Se você fizer isso, provavelmente há um bug em algum lugar. Você pode querer dar uma olhada em /var/log/apt/history.log
para rastrear seu histórico de instalação / remoção de pacotes.