Teste as partições com um live de alguma distro mais atualizada. Monte a partição, escreva muitos arquivos e verifique o dmesg. O kernel do Debian Stable é antigo e se o seu problema for um bug do kernel, provavelmente está resolvido.
Você também pode tentar com outros agendadores. Adicione "elevator = noop" ou "elevator = deadline" ao seu grub. Às vezes, outros agendadores podem ajudar com esse tipo de problema.
Se os dois testes falharem, seu disco ou controlador está quebrado. Além disso, você pode verificar a integridade do seu disco com os testes SMART.