Existe, na verdade, um motivo simples pelo qual isso não funciona como esperado. O arquivo de configuração do i3 não é um script de shell. Então, a questão é: por que você quer fazer isso?
Se você espera poder executar comandos em sua configuração do i3 especificada no script mencionado, isso não funcionará. Parece que você está esperando dividir seu arquivo de configuração em vários shell scripts menores; isso também não funcionará. Se você quiser que o i3 esteja ciente de um conjunto de keybinds de qualquer maneira sensata, você deve colocá-los diretamente em seu arquivo de configuração.
Se, por outro lado, você quiser apenas executar um script de shell ao iniciar o i3, isso é muito fácil. Tudo o que você precisa fazer é usar o comando exec
bem documentado (imagino que seria algo como isso ):
exec sh /path/to/script/to/be/run