A autenticação de chave pública é ativada por padrão e tem prioridade mais alta do que autenticação de senha (tratada pelo PAM ou diretamente).
Você pode configurar sshd_config
option UsePAM yes
(por padrão na Red Hat), o que irá adiar a autenticação para o PAM - isso é configurado em /etc/pam.d/sshd
(pode diferir um pouco em alguns sistemas).
Para o OTP, você pode usar google_authenticator
ou alguma outra implementação aberta de senhas de uso único. Existem muitos procedimentos por aqui. Você pode tentar procurar por autenticação de dois fatores, mas basicamente está adicionando uma linha como essa
auth required pam_google_authenticator.so
no /etc/pam.d/sshd
e fazer algumas configurações: o Arch tem boas instruções para isso: link
Usar somente senhas de uso único, sem o segundo fator, pode ser um risco em potencial se a senha ou o token descartados se perderem - recomendo que você não siga esse caminho e implemente a autenticação de dois fatores em vez de apenas uma vez senha.