As configurações do usuário são completamente independentes no sistema operacional. Contanto que você não toque na casa do usuário, as configurações serão aplicadas automaticamente. Nenhuma ação é necessária.
Com relação ao PPA, você terá que adicioná-los depois, já que será um software diferente. Você não pode depender de um PPA disponível para novas versões. Cabe aos desenvolvedores do aplicativo garantir que ele esteja disponível para versões futuras.