Você pode usar outro caractere que não pode aparecer em um nome de arquivo: /
Então, uma vez que você tenha sua lista de arquivos, você sabe que os caminhos são separados por duas barras: //
(o segundo sendo parte do caminho, já que cada caminho começa com uma barra, mas não termina com um). Você poderia então usar sua ferramenta favorita para transformar a lista em caminhos separados por NUL ...