Eu encontrei uma solução. Existem dois parâmetros que podem ser usados (adicionados ao arquivo ~/.Xresources
):
URxvt*highlightColor: #000000
URxvt*highlightTextColor: #D75F00
Aqui está a explicação:
highlightColor: colour If set, use the specified colour as the background for highlighted characters. If unset, use reverse video. highlightTextColor: colour If set and highlightColor is set, use the specified colour as the foreground for highlighted characters.
E agora o texto selecionado na janela totalmente transparente é assim: