Se sua principal preocupação for qual perfil será usado quando o mailto link for clicado, a solução é sempre iniciar o perfil padrão normalmente e iniciar todos os outros perfis com a opção -no-remote .
A maneira como funciona é que, se você iniciar um perfil com a opção -no-remote , o firefox não o verá em execução. O Firefox só verá a instância padrão (que foi iniciada sem -no-remote )
Tudo isso é explicado neste Artigo do MozzilaZine