Você pode fazer isso no arquivo de dados colocando uma nova linha entre grupos de linhas de arquivo de dados. Cada linha de arquivo de dados é o dado de um valor de Y (quando eu leio o gráfico, o eixo rotulado 2,4,6,8 ... está correndo do canto inferior direito para o superior esquerdo). Quando o valor Y mudar, insira uma linha em branco (comprimento zero, nova linha extra) nos dados. Você não terá essas linhas de conexão perdidas.
Para uma ilustração, o arquivo de dados tem este conteúdo:
1 2
3 3
4 4
5 6
Um comando do gnuplot de: plot 'data.file' using 1:2 with lines
deve produzir dois segmentos de linha distintos.