Não, isso não é possível. Mesmo se você conseguisse redirecionar todo o IO para o novo subvolume, alterar os arquivos de um aplicativo no meio de acessá-lo iria corromper o arquivo irremediavelmente e confundir o aplicativo. Se o arquivo em questão fosse um programa, isso faria com que o programa ficasse descontrolado e falhasse apenas se você tiver sorte.