Você precisará usar permissões no estilo UNIX para restringir quais contas podem ler o arquivo. Se você for para as pastas no Nautilus, clique com o botão direito do mouse, selecione Propriedades e vá para a guia Permissões. Remova quaisquer permissões que não sejam do proprietário e clique em "Aplicar permissões aos arquivos fechados". Então somente o dono (deve ser você, se montou os sistemas de arquivos) pode ler os arquivos.