Você pode criar arquivos vazios com todas as extensões possíveis e chamar o rsync com --ignore-existing
.
find A -type f \( -name '*.flac' -o -name '*.m4v' -o -name '*.mp3' -o '*.ogg' -o '*.wma' \) \
-exec sh -c '
for base; do
base=${base%.*};
for ext in flac m4v mp3 ogg wma; do : >>"$base.$ext"; done;
done' _ {} +
# Do the same on B …
rsync -a --ignore-existing A B
Você pode estar interessado em mp3fs , um FUSE sistema de arquivos empilhável que fornece uma visão de uma árvore de diretórios onde todos os arquivos de áudio aparecem como MP3. Eu não acho que isso ajudaria particularmente com a sua pergunta, mas pode ser uma maneira alternativa de resolver o seu problema ou provar ser útil.