A correção correta é mover
autocmd VimEnter * NERDTree
fora do seu ~/.vimrc
e em ~/.vim/after/plugin/NERD_tree.vim
.
Dessa forma, o autocmd só é executado se a NERD_tree também tiver sido carregada.
E para ser mais correto, você provavelmente deve fazer isso
if exists("loaded_nerd_tree")
echo 'loaded_nerd_tree' . loaded_nerd_tree
endif
Dessa forma, se o plug-in for desinstalado, seu script after
ainda não tentará usar o plug-in.