Uma alteração de versão tão importante está fadada a causar falhas em apps e libs. Existem muitas mudanças entre as duas versões que você mencionou. Geralmente, é aceitável saltar dentro de sub-versões, por ex. 2.6.32 a 2.6.39. Saltar todo o caminho de 2.6.x para 3.x não é recomendado.