Primeiro o Ubuntu One não irá sincronizar suas pastas iniciais. Apenas sincroniza o ~ / Ubuntu One por padrão e irá (opcionalmente) sincronizar outras pastas na sua pasta pessoal. Se você sincronizou várias pastas (não falando sobre o deja dup) com o Ubuntu One, elas não serão sincronizadas automaticamente quando você reinstalar o sistema operacional. Você precisará selecioná-los usando o Painel de Controle do Ubuntu One.
Se você está se referindo ao backup de Deja Dup dos seus arquivos, esse aplicativo os coloca em uma pasta especial no Ubuntu One que não sincroniza (e eu não recomendo que você faça). Você pode visualizá-los on-line no link