Se os nomes de arquivo não contiverem caracteres de nova linha, você poderá escrevê-lo como:
exiftool -q -ext mp3 -if '$PartOfSet =~ /^CD\d+\z/' -p \
'$PartOfSet:$Directory/$FileName' . | while IFS=: read -r p f; do
id3v2 --TPOS="${p#CD}" "$f"; done