O ~/.profile
é lido por poucos processos, entre eles, shells e sessões de desktop. Tudo o resto simplesmente herdará de seu pai. Portanto, se você iniciar seu aplicativo a partir da sessão da área de trabalho, reinicie a sessão da área de trabalho de maneira única. Então sair e voltar parece ser o curso de ação mais sensato.
Pode haver casos em que a sessão é iniciada a partir de algum script e você pode alterar esse script de forma que ele forneça um mecanismo para iniciar uma nova sessão se a anterior sair, se alguma condição for satisfeita. Isso talvez permita que você evite dar suas credenciais mais uma vez. Mas esse mecanismo seria muito hackish e teria de estar em vigor antes de iniciar a sessão.