Tenho certeza de que alguém terá uma resposta melhor e mais informada, mas aqui estão meus dois centavos:
Provavelmente ficará bem.
Os aplicativos de atualização de firmware - quando executados no Windows ou no macOS - provavelmente enviarão mensagens USB específicas para o dispositivo.
Eu esperaria que sua máquina virtual passasse por essas mensagens completamente ou se recusasse a passá-las.
Eu duvido que haja muito risco de "bloquear" seu dispositivo dessa forma, já que eu esperaria que as mensagens USB fossem enviadas totalmente ou não fossem exibidas.
Se você não estiver disposto a arriscar algo fora das políticas de suporte do fabricante, precisará solicitar opções. (Eles provavelmente dirão para você encontrar uma máquina Windows ou MacOS).