Você pode usar o CDemu para ler Alcohol 120% .mds e similares, e trabalhará com a maioria dos formatos de proteção contra cópia de CD. Há uma opção "Emulação de setor inválido" que você pode precisar marcar na GUI do gcdemu antes de carregar a imagem.
Não está no Debian GNU / Linux, mas é muito fácil construir pacotes (e os comandos para isso são documentados). link