Há algo estranho acontecendo com a linha de comando - seja um problema no sistema de arquivos ou algo mais elementar (como caracteres não imprimíveis em um nome de diretório).
A mensagem de erro "Não foi possível encontrar um formato de saída adequado para pipe: 1" é devido ao anterior "-f flac" sendo ignorado.
Eu tentei renomear um mp3 para o nome do arquivo do seu problema, e rodar o script, apenas para descobrir que estava tudo bem (até o oggenc não gostar de codificar o flac do stdin).
Eu recomendo (como don_crissti sugeriu) adicionar -loglevel debug
à linha de comando e, em seguida, tentar isolar os arquivos ou diretórios que estão causando problemas, executando o script em um subconjunto de diretórios para determinar o que realmente está acontecendo. (No nível de depuração, o ffmpeg até relata o que interpretou a linha de comando)