Talvez o disco tenha uma tabela de partições híbrida (MBR e GPT) com as duas partes não sincronizadas.
Você pode dar uma olhada no segundo setor do disco e (depois de um backup) substituí-lo por zeros:
dd if=/dev/sda skip=512 bs=1 count=16 | command od -t c -t x1
backup com
dd if=/dev/sda of=/media/whatever/sector1.dd skip=1 count=1
substituir por
dd if=/dev/zero of=/dev/sda seek=1 count=1