A tabela de partições Master Boot Record, também conhecida como a tabela de partições do MS-DOS, permite criar 4 partições primárias. Uma dessas partições pode ser designada como uma partição estendida, que pode ser subdividida posteriormente.
Esta partição estendida contém uma lista encadeada de tabelas de partição, permitindo um número arbitrário de partições. Cada uma dessas tabelas de partição define uma partição estendida e contém o endereço da próxima tabela de partição estendida. Estes dados requerem um único setor (512b) para armazenar em disco.
As ferramentas de particionamento modernas, como o gparted, reforçam o alinhamento de dados de 1MB (setor 2048) - esse é o parâmetro 'align' (alinhamento) que você pergunta. Isso é feito para melhorar o desempenho. As ferramentas de particionamento deixarão uma lacuna de 2047 setores entre a tabela de partições e o início dos dados para criar esse alinhamento; isso explica a lacuna de 1MB.
Muitas ferramentas de partição permitem desabilitar ou alterar esse requisito de alinhamento, o que você fez no seu caso definindo 'align' como 'none'.
Mais detalhes e imagens bonitas disponíveis na página da Wikipedia para Extended Boot Records: link .