Sempre faça um backup primeiro!
Eu fiz isso no outro dia instalando o Ubuntu 14.10 em uma unidade do Windows 10. Quando a instalação chegou à parte onde você escolhe como instalar eu escolhi "outra coisa". Nesse ponto, nenhum sistema operacional foi detectado, no entanto, a partição apareceu como "bootloader do Windows".
Você pode marcar a partição como "não usar" e depois redimensionar a partição "não usar" para liberar espaço para o Linux.
A partição linux precisa ser particionada para ext4 (padrão), ext3, xfs ou btrfs. Você também precisa de um par de GB para particionar para espaço de troca de linux.