Simplesmente, não coloque seu arquivo allfiles.txt no mesmo diretório que você está procurando. Coloque em outro lugar, como:
find . -type f > /tmp/allfiles.txt
Ou se tiver que estar no mesmo diretório, filtre-o com grep:
find . -type f | grep -vxF ./allfiles.txt > allfiles.txt
(assumindo que não há outros arquivos chamados ./foo\n./allfiles.txt
, por exemplo)