No menu principal (little mousy), há uma entrada "Configurações".
Lá, há uma entrada "Aplicativos padrão" - é onde você pode alterar o emulador de terminal padrão, o navegador padrão e o gerenciador de arquivos.
A caixa de diálogo apresentará as opções que julgar adequadas para cada uma delas - por isso, certifique-se de ter o aplicativo desejado instalado e presente no $PATH antes de procurá-lo lá.