Se você clicar no menu "Som" (ícone no canto superior direito) > Preferências de som > Entrada
Existe um controle deslizante que permite amplificar o nível do volume de entrada manualmente, mesmo além de 100%.
Você também pode entrar no Skype > Opções > Dispositivos de som e desmarque "Permitir que o Skype ajuste automaticamente meus níveis de mixer". O Skype tem como padrão alterar seus níveis para você.