Acho que tive problemas dessa natureza antes e os resolvi usando Xresources . Isso pode ter sido com o XEmacs. Eu acho que a idéia básica é que o Emacs cria o frame antes de ler .emacs, então você pode fazer um heads-up usando Xresources.
Por exemplo, aqui estão alguns dos conteúdos do meu ~ / .Xdefaults:
emacs*geometry: WxH
Emacs.menuBar: off
Emacs.toolBar: off
Emacs*font: Font-Family Pt-size
(onde W, H, Font-Family e Pt-size devem ser personalizados)
Eu uso o 'xrdb /path/to/.Xdefaults' durante a inicialização da minha sessão do GNOME para compilar / carregar essas configurações. Você pode invocar o xrdb manualmente enquanto testa isso.