Acho que encontrei a correção para o mesmo problema, graças a esta resposta .
Resumidamente: parece ser um problema com o ibus. Eu tentei tanto lançar o aplicativo java (no meu caso freemind
) com XMODIFIERS="" freemind
e configurar o ibus com ibus-setup
e agora eu posso escrever vogais acentuadas (usando chaves de inatividade no teclado ES).