Acho que encontrei a correção para o mesmo problema, graças a esta resposta .
Resumidamente: parece ser um problema com o ibus. Eu tentei tanto lançar o aplicativo java (no meu caso freemind ) com XMODIFIERS="" freemind e configurar o ibus com ibus-setup e agora eu posso escrever vogais acentuadas (usando chaves de inatividade no teclado ES).