diff espera os nomes de dois arquivos, então você deve colocar os dois resultados em dois arquivos, e então compará-los:
awk '{print $3}' f1.txt | sort -u > out1
awk '{print $2}' f2.txt | sort -u > out2
diff out1 out2
ou, usando ksh93 , bash ou zsh , você pode usar a substituição de processos:
diff <(awk '{print $3}' f1.txt | sort -u) <(awk '{print $2}' f2.txt | sort -u)