Isso se deve a uma recente mudança no terminal gnome. O terminal gnome recente não aceita mais o argumento --disable-factory.
Instale o pacote xterm e, em seguida, em uma sessão do gnome-terminal, faça o seguinte:
$ unset GNOME_DESKTOP_SESSION_ID
$ monodevelop
Isso fará com que o monodesenvolvimento use o xterm como seu terminal externo e tudo deve estar bem.