Você precisa
:! chmod +x %
O ! é usado para executar seus comandos em um shell.
Como posso executar chmod +x no script que estou criando no vi / vim para que seja executável? Eu tentei :r chmod +x % mas não funcionou.
No vim você pode executar um comando shell no modo de comando com ! no início. Então, no seu caso, você pode fazer algo parecido com isto: :!chmod +x % . % é o arquivo atual no Vim.
Espero que isso resolva seu problema.
Tags permissions chmod vi