A maneira Debian de configurar o iptables na inicialização é usando o pacote iptables-persistent .
Simplesmente instale o pacote iptables-persistent , configure as regras do iptables como você deseja e, em seguida, execute netfilter-persistent save . (Observe que o comando começa com netfilter e não iptables .)
Veja a página man do netfilter-persistent para mais detalhes.
O método para salvar as tabelas tem mudanças desde o Debian 7 (Wheezy). Em Wheezy alguém faria algo como: invoke-rc.d iptables-persistent save .