Você pode usar um comando como este:
sed -e 's/\///g' < file.txt | xargs mkdir
O comando sed
removerá as novas linhas do arquivo.txt e o canal para xargs
executará mkdir
para cada linha no arquivo.
Um comando equivalente (sugerido por don_crissti) usando tr
em vez de sed
é:
tr -d / < file.txt | xargs mkdir