No núcleo, não há diferença entre o desligamento ou reinicialização, com relação à mensagem "Reinicialização do sistema necessária". Tanto um desligamento quanto um reinício irão apagá-lo. No entanto, isso só se aplica quando você não tem uma nova atualização pendente que requer uma reinicialização para ser completamente aplicada, e as atualizações automáticas podem executar em seu sistema desde a "última reinicialização" mencionada.
Assim, você precisa estar ciente de que seu sistema tem unattended-upgrades instalado e ativado. Se esse for o caso, o sistema recebe atualizações uma vez por dia, e se você tiver atualizações automáticas configuradas para instalar todas as atualizações disponíveis (não apenas atualizações somente de segurança), ele executará e instalará automaticamente as atualizações no ponto de tempo configurado . A melhor maneira de determinar que é olhar para /var/log/apt/history.log , onde as atualizações automáticas serão exibidas. Isso pode explicar uma mensagem "Reiniciar Necessário" porque, desde a última reinicialização, o sistema pode ter recebido novas atualizações que acionaram a mensagem.