Em termos gerais, em um ambiente corporativo, é obrigatório ter pelo menos a partição do SO (ou /), / var e / home separated.
A vantagem é que ter um separado / você não danifica dados importantes por engano, e as atualizações do sistema são feitas com mais facilidade; e ter uma partição / var separada garante que, se por acaso alguns logs começarem a rodar descontroladamente, o sistema não pare de ter a raiz (/) cheia.
Em casa, dependendo de suas necessidades, eu diria que diferentes partições / e / home devem ser mais do que suficientes. No entanto, em discos maiores, muitas vezes eu crio uma partição extra / opt ou / data, sendo / home onde trabalho, / opto por binários que não vêm com o sistema e / home para trabalhar e desenvolver coisas.
No final do dia, em casa, é uma questão de gosto pessoal.